学校设置有14个学院（数学与信息技术学院、物理与电子工程学院、教师教育学院、外国语学院、国际文化学院、文学院、马克思主义学院、法学院、商学院、资源环境学院、美术学院、音乐学院、体育学院、高等职业技术学院），54个本科专业。“美术学”专业是国家级特色专业；“泰语、地理科学、艺术设计、生物科学”是云南省高等学校特色专业，其中“泰语”专业是云南省小语种重点建设专业；湄公河次区域民族民间艺术传习实验中心和信息与通信工程实验教学中心为省级本科实验教学示范中心，其中“湄公河次区域民族民间艺术传习实验中心”被中国艺术人类学学会授予中国艺术人类学学会第一个“非物质文化遗产传承与保护工作站”称号；学校共有4个省级名师工作室，“环境化学”、“LUPA开放源代码”两个实验室为省级重点建设实验室；《无机化学》、《中国古代文学》、《工笔重彩画》、《篮球》、《绝版套色木刻》、《泰国国家概况》、《泰国文学概况》、《泰语语音》为省级精品课程；应用型法律人才培养模式创新实验区被评为省级人才培养模式创新实验区。

学校设有各级各类研究中心：玉溪市经济社会发展研究中心、玉溪高原湖泊生态环境研究中心、污染控制与生态修复研究中心、滇中分析测试中心、玉溪师院大学生美育与素质拓展研究中心、濒危语言研究所、古生物研究所、民族文化与社会发展研究所。