学校现设有基础医学、临床医学、生物医学工程、中医药学、公共卫生等17个二级学院，南方医院、珠江医院、南方医科大学第三附属医院、中西医结合医院、从化第五附属医院、南方医科大学深圳医院等6所直属附属医院。另有广东省人民医院、广东省第二人民医院、广东省口腔医院、广州军区广州总医院、武汉总医院、南京军区南京总医院和等47家非直属附属医院。