学院目前设有制药工程学院、药学院、中药学院、生物技术学院、食品学院、管理学院、医疗器械学院、化妆品与艺术设计学院、国际交流学院、中医保健学院、护理学院、软件示范学院、思想政治理论教学部、继续教育学院（食品医药卫生培训中心）等14个教学单位。