长海医院消化内科成立于1976年。2000年被批准为全军消化内科专科中心(2006年升级为研究所),2001年被批准为国家重点学科、军队“2110”工程重点建设学科、上海市医学重点学科。2003年被批准为中华医学会消化内镜专科医师培训中心, 2006年被批准为亚太消化内镜学会培训中心,2010年被批准为教育部创新团队,2012年被批准为全军消化内镜中心和上海市“重中之重”临床医学中心,2013年被批准为国家临床重点专科,是《中华胰腺病杂志》和《Journal of Interventional Gastroenterology》杂志、《医学参考报-消化内镜学频道》报的主办单位。