2007年1月,学校新组建第四临床医学院。现其构成为“七院一所”:附属脑科医院、附属南京儿童医院、附属南京妇幼保健院、附属眼科医院、附属友谊整形外科医院、附属明基医院、附属江苏省肿瘤医院及儿科医学研究所。其中有三所三级甲等医院,儿科医学研究所下设儿童保健、小儿肾脏病两个研究中心,儿童营养、小儿肾脏病的相关研究处于国内一流水平,为保持专业特色打下了良好基础。学院目前设置七年制儿科学、四年制眼视光学专业。

学院现有教研室32个,校级重点实验室2个,导师145名,其中博士生导师9名,科研型硕导49名,临床型硕导87名,教师389名,教授25名,副教授86名,讲师278名,在读全日制研究生164名,七年制116名,本科生174名。整体就业率98.8%。