音乐表演系是撤系建院以来新成立的系部机构，主要从事音乐表演专业的器乐演奏方向、声乐演唱方向及舞蹈表演等方向相关的教学与科研工作，招生与教学对象为音乐表演专业的本科学生，主要任务是为社会输送优秀的音乐表演人才及音乐表演理论研究人员。此外，担负着新疆师范大学音乐学院的各类音乐会演出及参加各级音乐表演比赛的任务。